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生物堿試劑沉淀蛋白質的原理：
植物體內具有顯著生理作用的含氮堿性化合物成為生物堿。能沉淀生物堿或與其產生顏色反應的物質稱為生物堿試劑。當溶液PH小于等電點時，蛋白質顆粒帶正電荷，容易與生物堿試劑的負離子發生反應而沉淀。
生物堿試劑本質就是酸類，它們一般均導致蛋白質變性。
因為反應機理是，跟蛋白質側鏈上陽性離子（如氨基等）發生酸堿成鹽反應，而側鏈氨基常參與蛋白質的高結構或酶的活性中心，因此變性。（蛋白質鹽是很大的分子，沉淀是很自然的）。
生物堿的堿化、提取、滴定處理程序
按下列任何一種方法處理后測定
①將有機溶劑蒸干，于殘渣中加定量過量的酸滴定液使溶解，再用堿滴定液回滴剩余的酸;若生物堿易揮發或分解，應在蒸至近干時，先加入酸滴定液"固定"生物堿，再繼續加熱除去殘余的有機溶劑，放冷后完成滴定。
②將有機溶劑蒸干，于殘渣中加少量中性乙醇使溶解，任何用酸滴定液直接滴定。
③不蒸去有機溶劑，而直接于其中加定量過量的酸滴定液，振搖，將生物堿轉提入酸液中，分出酸液置另一錐形瓶中，有機溶劑層再用水分次振搖提取，合并水提取液和酸液，后用堿滴定液回滴定。
按照生物堿的基本結構，已可分為60類左右。主要有以下類型：
1、有機胺類，如麻黃堿、益母草堿、秋水仙堿。
2、吡咯烷類，如古豆堿、千里光堿、野百合堿。
3、吡啶類，如菸堿、檳榔堿、半邊蓮堿。
4、異喹啉類，如小檗堿、嗎啡、粉防己堿。
5、吲哚類，如利血平、長春新堿、麥角新堿。
6、莨菪烷類，如阿托品、東莨菪堿。
7、咪唑類，如毛果蕓香堿。
8、喹唑酮類，如常山堿。
9、嘌呤類，如咖啡堿、茶堿。
10、甾體類，如茄堿、浙貝母堿、澳洲茄堿。
11、二萜類，如烏頭堿、飛燕草堿。
12、其他，如加蘭他敏、雷公藤堿。
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